С распространением христианства отношение к кошки существенно меняется. Христиане считали кошку порождением зла, животным дьявола, связывали ее с магическими обрядами. Церковь, стремясь вернуть людей к Богу и погасить интерес к магии, преследовала при этом не только кошек, но также их владельцев. Особенно много предрассудков связано с черной кошкой, неизменным атрибутом ведьм и их магических действий. Истребление кошек привело к сокращению их численности и, соответственно, к значительному увеличению количества грызунов, особенно крыс. С этим, скорее всего, связано распространение в Европе и Азии в середине XIV века бубонной чумы, носителями которой являются крысы. Лишь в некоторых местах в этот период кошки не подвергались преследованию. Во второй половине VI века папа Григорий Великий ценил кошек и позволял держать их в монастырях. Ночные любовные игры кошек напоминали о запрещены мирские развлечения, нарушали покой и сон монахов, поэтому в монастырях впервые начали кастрировать котов. И по сей день на священной горе Афон в монастырях разрешается держать только кастрированных котов.

К концу XVIII века репутация кошек как регуляторов численности грызунов была восстановлена, и они вновь воцарились на своем прежнем месте - у дома - как образцовая домашнее животное. Кое-где они охранялись законом. Так, по закону Кантона, принятом в 1780 году в Цюрихе, Швейцария, убийца чужой кошки выплачивал ее владельцу штраф зерном. Размер штрафа определялся следующим образом: кошку подвешивали за хвост так, чтобы она касалась носом земли, и засыпали зерном, которое должно было полностью закрывать висячую зверька (такой закон существовал в своде законов короля Уэльса Хоуела Доброго в 936 году, почти такой же закон есть и у мусульман).

В Европу кошка попала через Италию, Балканы и Причерноморье. Здесь она встретилась с местной дикой лесной кошкой и с завезенными сюда родственниками из азиатских стран. В результате появились Гибриды, которые способствовали становлению современного экстерьера кошек.